Torsdag formiddag begyndte razziaen på rastepladsen Kildebjerg, men flytter i eftermiddag.
Politiet oplyser ikke, hvor de flytter hen eller hvor længe razziaen varer.
I razziaen deltager også SKAT, Bilinspektionen, Fødevarestyrelsen, Vejdirektoratet, Arbejdstilsynet, og Udlændingestyrelsen.
Ved en tilsvarende razzia i december 2012 blev omkring 5000 køretøjer tjekket.
Det blev der knap 300 sager ud af til en bødeværdi på næsten 800.000 kroner, oplyser Fyns Politi.
Det var især lastbilerne, der måtte have tegnebogen frem, da bøderne til lastbiler er meget store.
- Derfor har vi desværre en forventning om, at dagens kontrol også vil føre til en lang række sager, siger aktionens leder, politikommissær Jesper Pedersen.