Underskuddet for regnskabsåret 2011/12 lyder på 511.010 kroner, og samtidig har operaen en negativ egenkapital på 419.481 kroner. Den dårlige økonomi skyldes i følge Den Fynske Opera et dårligt billetsalg, forudbetaling til kommende forestillinger og at bestyrelsen for sent er blevet opmærksom på den skrantende økonomi.
I sin gennemgang af regnskabet skriver revisionen blandt andet:
"Institutionens evne til at fortsætte driften er afhængig af, at den for driften nødvendige likviditet er til rådighed for institutionen. Institutionen har en stram likviditet grundet det seneste års dårlige resultat samt nødvendige investeringer i fremtidige forestillinger."
Bestyrelsen for Den Fynske Opera har nu skåret ned i det administrative og tekniske personal og ansat en regnskabsfører som løbende skal holde bestyrelsen orienteret om økonomien. Samtidig vil operaen ikke længere lave opførsler, hvor der er krav om forudbetalinger, og der vil blive skåret ned i aktivitetsniveauet de kommende år.
Den Fynske Opera har en driftsaftale med Odense Kommune indtil 2015, og en ny aftale kan være truet, hvis operaen har negativ egenkapital, når aftalen udløber.
By- og Kulturforvaltningen i Odense Kommune er dog indstillet på at godkende regnskabet, da bestyrelsen har taget inititiv til en genopretningsplan.