Forældrene mener ikke, de er blevet hørt i sagen, som blev vedtaget af Børn- og Ungeudvalget sidst i november.
Flytningen af eleverne betyder, at de skal gå i en skole med 23% tosprogede elever, hvorimod Skt. Hans Skole næsten ingen har.
Men det er ikke årsagen til protesterne, siger forældrene.
- Vi ville gerne have, at begge skoledistrikter blev endnu mere integreret for at sikre en god blanding af eleverne, siger en af forældrene, Mads Glenstrup.
Derfor vil de gerne i dialog med Odense Kommune.
Skolerådmand Jane Marie Jegind besvarer kritikken med, at kommunen har hørt skolebestyrelserne før beslutningen om de 21 elever.
- Dialogen om integration fortsætter efter nytår, når vi skal tage fat på den overordnede planlægning af integrationen på skolerne i Odense Kommune, siger Jane Marie Jegind.
Forældrene i Skibhuskvarteret har samlet 216 protestbreve og -underskrifter, som de afleverer til rådmanden tirsdag eftermiddag.