Pengene skal bruges til restaurering af den gamle herregård, der opført som prestigebyggeri af hertug Hans den Yngre i 1580.
Hovedbygningen, hertugens lille jagtslot, og de trefløjede avlsbygninger blev i sin tid bygget på øer, omgivet af imponerende stensætninger og forbundet med en vindebro over den vandfyldte voldgrav
Målet er, at den rislende bæk igen skal fylde voldgraven med vand.
Arbejdet med at bringe Søbygaard tilbage til fordums storhed blev indledt i begyndelsen af 1990'erne af Den Selvejende Institution Søbygaard i samarbejde med Planstyrelsen.
Pengene A. P. Møller og Hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond skal bruges til at renovere nordfløjen, den gamle lade, som blev nyopført midt i 1700-tallet efter at være blæst omkuld i en storm.