Den høje vandstand kan føre til, at det nogle steder bliver nødvendigt at foretage evakueringer.
Det advarer Rigspolitiet om i en såkaldt beredskabsmeddelelse onsdag eftermiddag.
I udsatte områder kan der også ske strømsvigt, lyder det.
Der er fare for "store kystoversvømmelser og dermed livsfare for folk, der færdes i oversvømmede områder," skriver Rigspolitiet.
"Desuden ventes betydelig skade på bygninger og kystsikring," hedder det i meddelelsen.
Rigspolitiet opremser også, hvilke områder der berøres.
Det tæller Bornholm, Sydøstsjællands kyst, Lolland-Falsters sydkyst, Smålandsfarvandet, østlige og vestlige Storebælt, Det Sydfynske Øhav og det sydlige Lillebælt.
Af det seneste varsel fra DMI omkring klokken 14 fremgår det, at situationen ved det sydlige Lillebælt og Det Sydfynske Øhav kategoriseres som "meget farligt vejr".
Situationen ved det østlige og vestlige Storebælt samt ved Øresund og Bornholm betegnes som "voldsomt vejr", mens vejret ved Lolland-Falsters sydkyst og Sydøstsjællands kyst af DMI kaldes for "farligt vejr".
Den mest voldsomme af DMI's kategorier kaldes "ekstremt farligt vejr". Den efterfølges af "meget farligt vejr", "farligt vejr", "voldsomt vejr" og "risiko for voldsomt vejr".
Vejret påvirker også en række broer og færgedriften omkring de berørte områder.
Højvandet forventes at indtræffe omkring klokken 19 ved Bornholm og de østvendte kyster på Sjælland, i Det Sydfynske Øhav cirka ved midnat og i Lillebælt cirka klokken 03 natten til torsdag.
Myndighederne beder befolkningen kun at kontakte politiet eller alarmcentralen ved akutte tilfælde.
Desuden bør man forberede sig på, at strømmen periodisk kan gå, mens situationen står på.