Da politiet startede med at efterforske sagen i februar, lød sigtelserne ellers umiddelbart på anden kønslig omgang end samleje, skriver Fyns Amts Avis torsdag.
Men ifølge anklageskriftet har anklagemyndigheden blandt andet valgt at tiltale drengen for at voldtage en mindreårig pige på en adresse i Svendborg.
Sagen skal for retten på onsdag.
Den 15-årige dreng har under hele sagens efterforskning været elev på Nymarksskolen, og skoleleder Birgit Villebro sagde i starten af marts, at der ikke gik nogle elever på skolen, som ledelsen var utrygge ved.
Det holder hun fast i, efter avisen har fortalt hende om voldtægtsanklagen.
- Vi ved, der er en sag, som ikke har noget med skolen at gøre. Vi forholder os til, om det skolemæssige fungerer, siger hun.
Den 15-årige dreng er også tiltalt for anden kønslig omgang end sex med en mindreårig pige i et omklædningsrum og et forsøg på at tvinge en tredje mindreårig pige til oralsex i en ungdomsklub.