Den oprindelige aftale mellem Transportministeriet og Scandlines om driften af Bøjden-Fynshav indebar, at den eksisterende færge skulle bygges om og forlænges for at opnå større kapacitet.
Siden har Clipper Group købt ruten af Scandlines. Clipper ønsker at bygge en helt ny færge, og aftalen om det er nu faldet på plads med Transportministeriet.
Clipper Group sørger også for at ombygge færgelejerne på begge sider af færgeruten.
Den eksisterende, 30 år gamle færge, M/F Thor Sydfyen fortsætter sejladsen til midten af 2009, hvorefter Clipper indsætter større kapacitet i højsæsonen.
Fra januar 2010 indsættes den ny færge, der kan tage 600 passagerer mod de nuværende 300 og den får plads til mere end 100 biler mod 50 i dag.