Siden 2001 har Helle Johannessen ledet og opbygget et forskeruddannelses-program i humanistisk sundhedsforskning ved Syddansk Universitet.
Programmet, der er det eneste af sin art i Danmark, har 27 tilknyttede ph.d.-studerende og har deltagelse fra flere parter, blandt andet Danmarks Pædagogiske Universitetsskole og Odense Universitetshospital.
Siden 2005 har Helle Johannessen desuden været forskningsleder i forskningsenheden Helbred, Menneske og Samfund på Institut for Sundhedstjenesteforskning.
Både ph.d.-programmet og forskningsenheden danner ramme for forskere med forskellige faglige tilgange, men fælles for alle er, at de belyser patienter og andre aktørers handlinger i forhold til sundhed og sygdom i en social og kulturel sammenhæng.