Ifølge Fyens Stiftstidende er manden tiltalt for at tvinge sin datter til oralsex og analt samleje, og den 22-årige kæreste er tiltalt for oralsex med steddatteren.
Begge de tiltalte nægter sig skyldige i anklagerne om incest, men manden indrømmede at have slået sin datter.
Den lille pige har været i familiepleje siden juli 2007.
Der forventes dom i sagen på torsdag.